Instytut jest jednostką naukowo-badawczą ściśle związaną w zakresie swoich kompetencji z gospodarką morską. Wykonuje prace naukowe, badawcze i wdrożeniowe: m.in. zajmuje się modernizacją i eksploatacją portów, oceanografią operacyjną oraz problematyką zagospodarowania regionu nadmorskiego. Misją Instytutu jest dbałość o zachowanie wartości morza i zrównoważony rozwój polskiej gospodarki morskiej.
Instytut opracowuje studia wykonalności i ekspertyzy oraz udziela konsultacji w zakresie: hydrotechniki morskiej, geotechniki, ochrony środowiska (badania chemiczne i biologiczne), transportu, logistyki, zagospodarowania przestrzennego regionu nadmorskiego, modernizacji i eksploatacji portów, żeglugi śródlądowej, turystyki, bezpieczeństwa przeciwpowodziowego, elektroniki morskiej, a także tworzenia baz danych i monitoringu zjawisk ciągłych. W ramach instytutu funkcjonują nowoczesne, dobrze wyposażone laboratoria (w tym Akredytowane Laboratorium Badawcze Zakładu Ochrony Środowiska posiadające Certyfikat Polskiego Centrum Akredytacji). Jednostka posiada nowoczesny statek naukowo-badawczy RV IMOR - typu katamaran, który stanowi pływające, specjalistyczne laboratorium morskie, przeznaczone do wykonywania kompleksowych usług badawczych w płytkowodnej strefie przybrzeżnej w oparciu o najnowocześniejsze technologie badawcze.